"Mucken" inwiefern?
Bis auf Videoeinstellungen sollte der Rest automatisch gespeichert werden. Aber im Mame-Menu weist soundso ein "Save"-Punkt darauf hin, wenn es extra etwas abzuspeichern gilt. In jedem Fall sind Mame-Settings in der advmame.rc Konfigurationsdatei abgespeichert. Wenn du bei einem Spiel erstmals etwas änderst, wird unten in der Datei ein neuer Eintrag mit den Settings für dieses Spiel hinzugefügt.