Also ich würds erst mal soweit basteln das es auf meiner Konfiguration läuft (Arcademonitor mit Matrox GraKa) und dann würde ich weiter schaun. Auserdem wird ja beim installieren des X Systems unter Debian ein Configtool ausgeführt, wo man halt GraKa und Monitor auswählen kann, es sollte also möglich sein da irgendwas dran zu schrauben.
Das optimale Endprodukt wäre dann Universal einsetbar, mit Auswahl der Mame & FE Version und auf (fast) allen möglichen HW Kombinationen. Aber bis dahin ist es noch ein weiter weg.